Das Projektgebiet von Klassenzimmer Alpen erstreckt sich derzeit auf die beiden Allgäuer Landkreise Ober- und Ostallgäu.

Hier finden im Alpenvorland und in den Alpen Veranstaltungen der Grundschulen vor Ort statt. Schwerpunktgebiet sind dabei das Naturschutzgebiet Allgäuer Hochalpen im Oberallgäu, mit dem Nebelhorn und dem Hintersteiner Tal, sowie im Ostallgäu der Breitenberg und Halblech.

Die aktuellen Projektschulen sind die Grundschulen Oberstdorf, Rettenberg, Sonthofen-Rieden und Bad Hindelang im Oberallgäu sowie die Grundschulen Pfronten, Roßhaupten, Halblech und die von Freyberg Grundschule im Ostallgäu.